Родился в дворянской семье в Курляндской губернии.
В 1791 определен в 1-й Сухопутный шляхетский кадетский корпус.
В 1805 г. выпущен в чине прапорщика в Низовский мушкетерский полк.
Принимал участие в войне с Францией 1806-1807 гг.
В Отечественной войне 1812 г. участвовал в сражениях при Бородино,Тарутино, Малоярославце.
В заграничных походах 1813-1814 гг. отличился в сражениях при Бауцене, Кульме, Лейпциге, при взятии Парижа.
За участие в 10-ти сражениях удостоился монаршего благоволения и ордена За военные достоинства от прусского короля (30 сентября 1813).
3 марта 1823 г. уволен в отставку в чине Действительного статского советника.
С 1830 г. — почетный член Московского университета (за устройство в Костромской губернии учебных заведений).
27 апреля 1830 г. назначен губернатором в Курскую губернию.
С 16 марта 1831 г. — Херсонский губернатор.
Скончался в Санкт-Петербурге. Похоронен на Волковском кладбище.
Награды: орден Святого Владимира 4-й степени с бантом, орден Святого Владимира 2-й степени, орден Святой Анны 4-й степени, орден Святой Анны 2-й степени с алмазами, орден Святой Анны 1-й степени, прусский орден «Pour le Merite», серебряная медаль «В память Отечественной войны 1812 года», медаль «За взятие Парижа», золотая шпага «За храбрость», Знак беспорочной службы за XX лет.
Будучи Курским губернатором учредил «Комитет для предотвращения появления холеры в крае».
Губернским правлением разослано по всем уездам расписание мест, где должны быть учреждены на проезжих дорогах карантинные кордоны и заставы с непременным выделением зданий под временные больницы. Туда же отправлены чиновники для заведования кордонами и наблюдения за исполнением карантинного устава.
В ожидании эпидемии губернатор требовал от местных властей заготовить необходимое количество нужных лекарств в случае прихода холеры в Курскую губернию.
Он предложил использовать хлорный газ для окуривания проезжавших через губернию людей и промывать в уксусе предметы, не удобные для окуривания.
Портрет Я.Ф. Ганскау, "Курский губернатор", написанный неизвестным автором, хранится в Курской государственной картинной галереи имени А. Дейнеки (приобретен в 1963 из частной коллекции).
В.Степанов.